Laboratorium- en veldexperimenten hebben uitgewezen dat bepaalde onderwaterplanten chemische stoffen uitscheiden, zoals alkaloïden, fenolen en zwavelverbindingen. Daardoor wordt de groei van algen afgeremd of geblokkeerd. Het gaat om o.a. waterpest (Elodea), hoornblad (Ceratophyllum), krabbenscheer (Stratiotes) en aarvederkruid (Myriophyllum). Deze eigenschap wordt betiteld als ‘allelopathie’. Allelopathie komt van het Grieks ‘allelon’ (wederzijds, onderling) en ‘pathos’ (schade berokkenen of schade lijden).
Allelopathische wisselwerkingen zijn dynamische processen, d.w.z. dat de productie van allelopathisch actieve stoffen kan worden afgeremd door omgevingsfactoren zoals voedselgebrek of -onevenwicht, licht- en zuurstoftekort, plantenvraat door vissen en insectenlarven, bacteriën.
Omgekeerd kunnen ook algen, voor zover ze in groten getale voorkomen, ondergedoken waterplanten beschaduwen, waardoor die op hun beurt slechter gaan groeien en remmende stoffen afscheiden, wat een verslijming van zuurstofplanten teweegbrengt.
Het is echter duidelijk dat (bepaalde) onderwaterplanten niet alleen door het uitscheiden van remmende substanties (allelopathie), maar ook door de concurrentie om voedingsstoffen en licht met de algen, en als schuilplaats voor algen etend dierlijk plankton bijdragen tot helder water. Voor een optimale ontwikkeling van het zoöplankton is het evenwel wenselijk dat het visbestand onder controle wordt gehouden. Anderzijds dient er natuurlijk ook te worden voor gezorgd, dat allelopathisch actieve planten zoals hoornblad en waterpest door hun sterke groeikracht geen extra problemen in de vijver creëren.
Hoe dan ook kunnen we stellen dat onderwaterplanten in grote mate bijdragen tot de totstandkoming en het behoud van helder water, en ook lichte schommelingen in het ecosysteem bufferen, waar allelopathie op een fascinerende en nog enigszins mysterieuze manier bij is betrokken.